انتُخِبَ المرحوم الدكتور مصطفى عيسى نقيباً للاطباء بحلب منذ العام ١٩٤٦ و لمرات متكررة حتى وفاته عام ١٩٦٠ ، وكذلك انتُخِبَ لدورتين رئيساً لرابطة نقابات الأطباء السورية ، عمل على إصدار قانون التقاعد و طبّقه و أمّن له مورداً فعمل على بناء مبنى نقابة الاطباء (دار الحكمة) في حي العزيزية أمام مشفى سلوم، شارك جمعٌ غفير بتشييع جثمانه إلى مثواه الأخير،  فساروا بالنعش محمولاً على االأكتاف من مسكنه في شارع بارون و حتى الجامع الأموي الكبير، و من ثم بالسيارات حتى مقبرة الشيخ جاكير حيث و وري الثرى، و توالى الخطباء بتعداد مناقبه و تبيين مكانته في نفوسهم 

ألقى الشاعر عمر يحيى شعراً نُقِش على حجر قبره فقال:

هنا مصطفى العيسى أقام و كم لهُ
مآثر في أوطانه سوف تُذكَرُ
نقيب أطبائنا و ملجأ ضعيفنا
عن السعي في إسعافه ليس يقصّرُ
و لا يأتلي عن الجميل لقاصدٍ
و للبرِّ و الإحسان يدعو و يأمرُ
سقى جدثاً و أراه ضعيف رحمة
من الله فالتاريخ لحيّ سيغفر

و قال أيضاً:

هنا صمت أجيالٍ و تاريخ حقبةٍ
من الوطن الغالي على الدهر تسطعُ
هنا مصطفى يبلى الزمان و ينطوى
و ذكراه للأجيال فجر مشعشعٌ

و بعد ذلك و بمرور أربعين يوماً على وفاته أقامت نقابة الأطباء حفلاً لتأبينه في قاعة المسرح في بناء النقابة، حضرها وفود من نقابات الأطباء في سورية و نقابة أطباء مصر و حضرها الكثير من وجهاء البلد.

من أرشيف أدهم عيسى.